Au siège de l’INSERM, l'Agence comptable principale (ACP), composée d’une vingtaine d’agents, est chargée de tenir les comptes de l'établissement (tenue de la comptabilité, paiement des dépenses, encaissement des recettes). Elle produit les comptes financiers de l’INSERM et de son groupe. Elle centralise les comptes des 11 agences comptables secondaires. A ce titre, elle coordonne et anime leur activité. Elle est responsable de la qualité des comptes produits et de la mise en œuvre des dispositifs de maitrise des risques comptables. Elle accompagne les services comptables dans l’appropriation du nouveau SI Financier SIFAC+.
Elle assure les opérations de paye de l’ensemble des personnels, gère la trésorerie de l’établissement dont le budget s’élève à 1,8 Mds d’euros.